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一旦诊断出先天性甲状腺功能减退，就应该开始左旋T4治疗。
治疗剂量一般为10-15ug/(kg.d)(37.5-50ug/d足月儿)，从一餐开始。
2周后，根据临床和血T4水平调整剂量，每次增加12.5微克。
4周后，血清T4应保持正常高水平(10-16ug/dl)一年，T3水平应正常，TSH应下降，否则骨龄达不到正常。
3个月后TSH应低于15mU/L，每次更换剂量后，每1-2个月或2周应复查一次T4和TSH。同时，应观察儿童甲状腺功能减退或甲状腺功能亢进的症状。
如果长期过度使用T4，会出现颅缝早闭和骨龄提前。对于早产儿暂时性甲减是否需要甲状腺激素治疗，目前专家意见不一。一些专家认为应该给予早期替代疗法。
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